分子生物学实验的染料主要涉及到核酸染料和蛋白质染料，核酸染料主要有EB（溴化乙锭,高致癌性），goldview,sybr green（实时定量PCR时常用染料）这些染料可以和核酸双链分子特异性结合发出强荧光而被检测到，蛋白质染料最常用的是考马斯亮蓝 R-250，硝酸银，其中硝酸银有时也用于核酸染色。

染料分为天然染料和人工染料两种。天然染料有胭脂虫红、地衣素、石蕊和苏木素等，它们多从植物体中提取得到，其成分复杂，有些至今还未搞清楚。目前主要采用人工染料，也称煤焦油染料，多从煤焦油中提取获得，是苯的衍生物。多数染料为带色的有机酸或碱类，难溶于水，而易溶于有机溶剂中。为使它们易溶于水，通常制成盐类。

染料可按其电离后染料离子所带电荷的性质，分为酸性染料、碱性染料、中性（复合）染料和单纯染料四大类。 标本干燥后即进行固定，固定的目的有三个：

1）杀死微生物，固定细胞结构。

2）保证菌体能更牢的粘附在载玻片上，防止标本被水冲洗掉。

3）改变染料对细胞的通透性，因为死的原生质比活的原生质易于染色。