多重qPCR探针的荧光基团的基本要求

1. 避免荧光基团相互干扰

多重qPCR的实验设计要求比单一反应体系的要复杂的多。检测不同指标的探针必须携带不同光谱范围的荧光基团。很多荧光光谱相近的荧光基团，它们虽然最大发射波长不同，但是在附近的波段内还是会有相互重叠的，一定要避免荧光基团发射光谱之间的相互干扰。

2. 根据荧光强度分配检测指标

不同荧光基团的荧光强度是有高有低的，例如FAM就是一个荧光强度相对较高的基团，我们偏向于将其安排给相对表达量比较低的目的基因，而荧光强度相对较低的基团可以用于检测表达量比较高的如看家基因等，这样会达到扩增曲线平台期接近的目的，结果会比较美观。

3. 按照荧光定量PCR仪来选择荧光基团

不同荧光定量PCR仪的激发光和发射光都是不相同的，因此需要根据对应的仪器选择适配的荧光基团。目前最广泛通用的荧光基团为FAM（FITC），因此，绝大多数多重qPCR策略首选的一个通道为FAM。如果使用仪器不适配的荧光基团，则在此之前必须对仪器针对这种荧光基团进行矫正。目前，主流的荧光定量PCR仪还是能够支持较多通道的多重检测的。

4. 搭配淬灭基团的选择

在选完探针的荧光基团之后，根据荧光基团的种类搭配淬灭基团即可，多重qPCR并不要求淬灭基团的不同，例如两重qPCR分别选择了FAM及VIC作为荧光基团，淬灭基团可以统一选择BHQ-1。

多重qPCR还需要优化引物探针序列的特异性，防止其相互产生干扰；确定最佳的引物-探针比值等等工作。正常情况极限不超过4重，超过4重的会比较困难。